当公司材料丢失时，应采取以下步骤进行处理：
登报声明作废
通过当地具有影响力的报纸或国家企业信用信息公示系统发布营业执照和公章丢失的声明，以防止被他人不当利用。
准备补办材料
根据丢失的资料类型，准备相应的补办材料。例如，补办营业执照需要提供《增､减､补､换发证照申请书》、经办人身份证原件、遗失公告的报纸原件、股东会关于补办营业执照的决议等。
补办公章则需要提供营业执照副本、法定代表人身份证、遗失公告的报纸原件，并可能需要先完成公章的报案和备案手续。
向相关部门申请补办
携带准备好的材料，前往工商行政管理部门或公安机关办理补办手续。在办理过程中，需按照工作人员的要求填写申请表格，提交相关材料，并缴纳相应的费用。
加强内部管理和培训
对资料丢失的原因进行深入调查，识别管理漏洞和薄弱环节，并制定并实施改进措施，如加强文件管理制度、提高员工文件保管意识、定期备份重要文件等。
加强员工的安全意识培训，确保公司的重要证件得到妥善保管。
关注后续事宜
及时与客户及合作伙伴沟通文件遗失的情况，解释原因并承诺采取补救措施。尽可能提供替代文件或证明，以维持业务关系的稳定性和连续性。
考虑购买商业保险，如企业财产保险、责任保险等，以转移文件遗失可能带来的经济损失。
通过以上步骤，公司可以尽量减少资料丢失带来的影响，并尽快恢复正常运营。