城市合作医疗的报销流程如下：
本地报销
参保患者在区内乡镇级普通门诊定点医疗机构就诊时，可直接刷卡报销。
在区内及区外市内定点医疗机构住院治疗，出院结算时可直接刷卡报销。
异地报销
在市外二级及二级以上公立医疗机构住院治疗的参保患者，应在出院后三个月内，携带医药费用原始发票、住院医药费用汇总明细清单等材料，到县区行政服务中心一楼新农合窗口报销医药费用。
特殊病种门诊报销
出具相关检查报告资料以及《新农合特殊病种门诊治疗审批表》，向新农合业管中心提出申请，经过审核批准后，其门诊医药费用可以列入新农合的报销范围内。
报销所需材料
本人有效身份证、医疗卡、原始发票、用药清单、病历本等其它相关材料。
报销比例
合作医疗的报销比例一般在20--85%之间浮动，具体比例和金额与检查和用药情况、医疗等级等因素有关。
报销时限
报销手续一般会在三十个工作日内到账。
注意事项
参保患者在就诊时，需选择合作医疗定点医疗机构，只有在该机构就诊的费用才能进行报销。
报销申请者可以是患者本人或其代理人，需提交代理人的身份证复印件及与患者的关系证明。
建议：
参保患者在就诊时，务必选择合作医疗定点医疗机构，并妥善保管好所有相关的报销材料。
在异地就诊时，提前了解并遵守当地的报销政策和流程，以确保顺利报销。