农村违法建筑的处理方式如下：
自然资源部门
职责范围：负责查处违法占用农用地进行建设的行为。
处理措施：
限期拆除违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的违法建筑，并恢复土地原状。
没收符合土地利用总体规划的违法建筑，并可以并处罚款。
对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
农业农村部门
职责范围：负责查处农村村民违法占用农村宅基地建住宅的行为。
处理措施：
责令退还非法占用的土地，并限期拆除违法建筑。
乡镇人民政府
职责范围：对于拥有合法宅基地但未办理建设规划许可证的违法建筑进行查处。
执法程序：
责令停止建设，并限期改正。
逾期不改正的，可以拆除违法建筑。
县级以上地方人民政府城乡规划主管部门
职责范围：负责查处未取得建设工程规划许可证或未按照建设工程规划许可证规定进行建设的行为。
处理措施：
责令停止建设，并限期拆除或予以没收。
可以并处罚款。
建议
及时停止建设：一旦发现违法建筑，乡镇人民政府应立即书面责令停止建设，防止违法行为扩大。
补办手续：对于仅违反规定但未妨碍社会公共利益的违法建筑，可以责令其补办相关手续。
强制拆除：对于不符合土地利用总体规划或未取得规划许可且无法采取改正措施的违法建筑，应限期拆除，并在必要时组织强制执行。
罚款与处分：对于违法建筑，除了拆除和恢复土地原状外，还可以并处罚款，并对相关责任人依法给予行政处分或追究刑事责任。
这些措施旨在有效处理农村违法建筑，保护土地资源，维护城乡规划秩序。