申请特种养殖证件的流程如下：
提交申请
申请人需要向当地的政府农村工作部门或者林业部门提交书面申请，申请内容包括：申请人信息、养殖品种、养殖规模、养殖地点、资金保障等。
审核
政府部门会对申请人的养殖条件进行现场审核，包括养殖设施、养殖技术、养殖环境等方面。审核通过后，政府部门会出具审核意见，同意申请人开展特种养殖活动。
审批
审核通过后，申请人需要向当地工商部门申请办理营业执照。工商部门会对申请人的经营资格进行审查，符合条件的颁发营业执照。
办理《特种养殖证》
获得营业执照后，申请人需要向当地畜牧兽医部门申请办理《特种养殖证》。畜牧兽医部门会对申请人的养殖品种、养殖规模等进行审核，符合条件的颁发《特种养殖证》。
年审
《特种养殖证》每年需要进行年审，年审内容包括：养殖品种、养殖规模、养殖地点、资金保障等。年审通过后，可以继续进行特种养殖活动。
所需材料
通常而言，申请办理特殊养殖证书需要准备以下材料：
资金证明
合法的场地使用证明文件
明确的饲料采购渠道信息
完备的防疫设备条件
法人代表的个人身份证明
引进种源原始方的驯养繁殖许可证原版（或加盖符合规定的复印件）。
办理地点
申请人需要前往当地林业部门或相关政府机构进行申请，具体流程和所需材料可能因地区而异，建议提前咨询当地相关部门获取详细信息。