特殊养殖许可证的办理流程如下：
准备申请材料
申请人需要准备的材料包括资金证明、场地证明（须为合法）、饲料来源证明、完备的防疫设施以及法人代表身份证等。
另外，还需提供原始引进种源所在国家或地区颁发的驯养繁殖证及养殖技术人员职称及资质证书的原件与复印件。
提交申请
申请人向当地的政府农村工作部门或者林业部门提交书面申请，申请内容包括养殖的种类、规模、地点等。
审核与评估
政府部门会对申请人的申请材料进行审核，核实申请人的资格和养殖条件，并可能进行现场审核，包括养殖设施、养殖技术、养殖环境等方面。
审核通过后，政府部门会出具审核意见书，同意申请人开展特种养殖活动。
办理营业执照
审核通过后，申请人需要向当地工商部门申请办理营业执照。
工商部门会对申请人的经营资格进行审查，符合条件的颁发营业执照。
办理《特种养殖证》
获得营业执照后，申请人需要向当地畜牧兽医部门申请办理《特种养殖证》。
畜牧兽医部门会对申请人的养殖品种、养殖规模等进行审核，符合条件的颁发《特种养殖证》。
年审
《特种养殖证》每年需要进行年审，年审内容包括养殖品种、养殖规模、养殖地点、资金保障等。
年审通过后，可以继续进行特种养殖活动。
建议：
申请人在准备材料和办理过程中，应确保所有文件的真实性和完整性，并按照规定的流程逐步办理。
如果遇到不明确或复杂的情况，建议咨询当地相关部门或专业律师以获得详细指导和帮助。