天珠的形成有多种说法，以下是几种较为可信的解释：
陨石坠落说
天珠的形成最靠谱的说法是，天珠其实是火星的陨石坠落到了喜马拉雅山地区。在撞击作用下，天珠原矿石形成了十几种元素和磁场能量，这才形成了后来的天珠。最早的天然天珠是由海螺化石打磨而成，叫法螺天珠。后来由于化石的稀缺，古西藏人开始采用一种含玉质及玛瑙成分的沉积岩打磨天珠，天然形成的规则图案，以眼球为主。
地质变化说
天珠是在漫长地质时期中形成的。它最初是远古时期的海螺化石，经过复杂的地质变化，如地壳运动、火山喷发等因素，使得这些海螺化石在高温、高压等条件下发生了玉化。还有一种说法是，天珠是由含有特殊成分的沉积岩，经过自然的打磨和矿化作用而形成。
自然打磨说
部分天珠是由天然材料打磨而成，分为两大类：一种是由海螺化石打磨而成的天珠，叫法螺天珠；另一种是由含玉质及玛瑙成分的九眼石页岩打磨而成的天珠，叫九眼石页岩天珠，也叫天眼天珠。这两种天珠都是由自然界中的物质经过长时间的变化而形成的，所以可以说是天然形成的。
蚀花玛瑙工艺说
现代研究认为，天珠是人工通过蚀花玛瑙工艺在天然玉髓中浸蚀染色而成，其工艺是蚀花工艺中最复杂最精美的一种，现已失传。
综合以上几种说法，天珠的形成可以归结为陨石坠落、地质变化、自然打磨以及人工蚀花等过程。每种说法都有其科学依据和考古发现的支持，但具体形成过程仍然是一个谜。