商鞅的死因主要是在秦孝公去世后，受到贵族的诬告和秦惠文王的猜忌。具体过程如下：
秦孝公去世后：
公元前338年，秦孝公去世，其子秦惠文王嬴驷即位。商鞅原本希望告老退休，但有人向秦惠文王进谗言，认为商鞅功高震主，若不除掉他将危害国家社稷。
被诬告谋反：
公子虔等贵族势力罗织罪名，诬陷商鞅谋反。秦惠文王下令追捕商鞅，商鞅逃亡至边关，试图投奔魏国，但因曾骗擒公子卬，魏国拒绝其入境。商鞅无奈返回封邑商於，并发动邑兵攻打郑县，但最终失败。
战败被擒：
商鞅在彤地之战中被秦惠文王的军队击败，被俘并带回咸阳。秦惠文王下令将商鞅处以车裂之刑，并灭其全家。
总结来说，商鞅在秦孝公去世后，因贵族的诬告和秦惠文王的猜忌，最终被车裂而死，并遭全家抄斩。尽管商鞅在秦国推行了变法，使国家强盛，但其结局却极为悲惨。