养殖房屋的确权流程一般包括以下几个步骤：
申请
农村房屋所有人向本辖区内的国土资源所或国土资源分局提出书面申请，并填写《农村宅基地使用权申报登记表》。申请时需要符合一户一宅的原则，并提供农村房屋宅基地的相关证明。
受理与审核
国土资源所进行土地登记资料的初审，县国土资源局对资料进行审核。审核通过后，将安排人员现场勘测，确认宅基地面积是否超出规定面积及是否存在争议。
公告
审核无异议的，将在公告栏进行公布，公告时间不少于7日。公告期间，其他村民可以提出异议。如无异议，则符合确权要求。
登记与发证
将符合条件的农村房屋进行登记在册，并缴纳相关费用。之后，房屋所有人可以携带相关证明材料向当地房产局办理农村房屋登记手续，并领取农村房屋确权证书。
提交申请与审批
房屋所有权人拿着宅基地使用权证书向当地房管所提交申请，经过房管所的公告及审批后，领取房产证。
建议在办理养殖房屋确权时，提前准备好所有必要的材料，并严格按照流程进行申请和审批，以确保确权过程的顺利进行。