检测水质通常有以下几个部门可以选择：
水务管理部门：
负责城市供水行业水源水、出厂水、管网水、二次供水及以自来水为水源的各种深度处理水的水质检测。
自然资源管理部门：
可以检测水质的矿化度等相关项目。
环境保护部门：
负责环境污染防治、环境影响评价、环境应急响应等方面的工作，包括饮用水水源地的水质监测。
卫生防疫站或疾病预防控制中心：
负责传染病疫情和地方病监测工作，也可进行饮用水水质检测。
食品药品监督管理局：
负责食品安全监管，包括食品生产环节的质量安全检查，其中也涵盖水质检测。
质量技术监督局：
其下的产品质量监督检测所可以提供水质检测服务。
第三方检测机构：
具有CMA（中国合格评定国家认可委员会）资质的第三方检测机构也可以提供水质检测服务，但需要选择具有信誉和资质的机构。
选择哪个部门进行水质检测，取决于检测的目的、项目以及希望获得的具体服务。例如，如果是为了确认饮用水是否符合标准，可以选择水务局或环保局下属的检测机构。如果需要详细报告，可以考虑专业的第三方检测机构