养殖粪便可以通过以下几种方法处理后保护庄稼：
自然堆沤发酵法
将畜禽粪便堆放在发酵池里，用秸秆将表面覆盖，经过长时间的自然厌氧发酵，到施肥季节时，直接施入地里。这种方法适合于畜禽散养户处理零星畜禽粪便，不适合于集约化畜禽养殖场处理量大而集中的畜禽粪便。
晾晒干燥法
将畜禽粪便均匀摊放在场地上，利用太阳能进行自然干燥。该方法适合于畜禽散养户处理零星畜禽粪便，不适合于集约化畜禽养殖场处理量大而集中的畜禽粪便。
直接快速烘干法
采用高温热烟道气将畜禽粪便直接烘干、灭菌，并将产品含水率控制在一定范围内。这种方法可以大大缩短处理时间，同时能够确保畜禽粪便中的营养物质得到有效保留。
有机肥生产线设备辅助处理
在有机肥生产线设备的辅助下，对畜禽粪便进行加工腐烂，通过高温杀灭有害细菌、卵等有害物质，从而提高粪肥的肥效并保护生态环境。处理后的粪肥可以作为土壤表面施肥、与土壤混合施肥或嵌入土壤施肥。
集中收集与氧化塘处理
将养猪场产生的所有粪便、尿、污水等集中收集，存放在氧化塘内，经过无害化处理后，在农作物需要施肥的时候，当做肥料使用。这种方法的优点是基础设施建设和后续处理费用较低，粪污使用率高。
穑
将牛羊等家畜圈养在田间或田边，在秋天将它们赶出去，在春天将它们赶回来。这样既可以保护庄稼免受野兽侵害，又可以使动物粪便直接落在田里作为肥料。
通过以上方法处理养殖粪便，不仅可以提高土壤肥力，促进作物生长，还能有效降低对环境的影响，实现农业的可持续发展。建议根据养殖场的实际情况选择合适的处理方法，并进行科学的管理和利用。