自动离职时，用人单位扣除劳动者工资的规定如下：
扣除上限：
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，用人单位不得无故克扣或拖欠劳动者的工资。如果因劳动者自动离职给用人单位造成经济损失，用人单位可以要求劳动者赔偿，但赔偿金额不得超过劳动者当月工资的20%。
最低工资标准：
如果扣除后的剩余工资部分低于当地的月最低工资标准，则应当按照最低工资标准支付。
无理由扣减：
劳动法中没有规定用人单位可以无理由地扣除劳动者的工资。
经济损失赔偿：
如果劳动者因个人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可以要求劳动者按照劳动合同的约定赔偿经济损失。
通知义务：
根据《劳动合同法》第三十七条，劳动者在解除劳动合同时应提前三十日以书面形式通知用人单位。
竞业限制：
如果双方签订了竞业限制条款，员工在自动离职后还应承担相应的违约责任。
请注意，具体情况可能因个案而异，建议在遇到此类问题时咨询专业律师以获得具体的法律建议。