多层石材地面防水的处理方法有以下几种：
表面防水剂
表面防水剂是一种常用的防水处理方法，可以形成一层保护膜，防止水分渗入石材内部。表面防水剂分为溶液型和膏状两种，前者适用于吸水性较强的石材，后者适用于吸水性较弱的石材。使用表面防水剂时，需要将其均匀地涂抹在石材表面，然后待其干燥。
渗透性防水剂
渗透性防水剂可以渗透到石材内部，形成一种具有防水性能的物质。这种防水剂通常是水性的，对环境友好，但渗透性较弱。使用渗透性防水剂时，需要先清洁石材表面，去除污渍和粉尘，然后将防水剂均匀地喷涂在石材表面，待其干燥。
底涂和面涂
在基层处理完成后，需要涂刷底涂，底涂的作用是增加防水层与基层之间的粘结力，同时封闭基层，防止水汽渗透。底涂一般需要涂刷两遍，每遍涂刷需要均匀，无遗漏。在防水层铺设完成后，需要涂刷面涂，面涂的作用是保护防水层，同时增加石材地面的美观度。面涂一般需要涂刷两遍，每遍涂刷需要均匀，无遗漏。
使用防水涂料或防水卷材
防水层一般采用防水涂料或防水卷材。防水涂料的优点是施工方便、灵活，但耐久性相对较差；防水卷材的优点是耐久性好、抗紫外线，但施工难度较大。铺设防水层时，需要注意搭接长度、铺设厚度等参数，同时需要保证防水层的连续性和完整性。
特殊处理
对于某些特殊场合，如卫生间地面，防水处理需要特别注重。必须在地坪基层上，也就是在地坪的找平层上进行防水处理，选择适合的材料如单组分环保型聚氨酯涂料，确保防水材料能严密地包住管道与地面，渗入缝隙，在干燥后不会收缩。
建议
选择合适的防水材料：根据石材的材质和吸水性选择合适的防水剂或涂料，确保防水效果和使用寿命。
均匀涂抹：在涂抹防水剂或涂料时，要保持均匀涂抹，确保每个部位都能得到充分的防水保护。
干燥时间：在进行防水处理后，需要给石材足够的干燥时间，以确保防水剂或涂料充分固化和发挥作用。
定期维护：防水处理完成后，需要定期进行清洁和维护，避免尖锐物品的划伤和磨损，延长石材的使用寿命。