同治皇帝的死因一直存在多种说法，主要包括以下几种观点：
死于天花：
这是官方记载和大部分历史学者认可的观点。根据清宫医案《万岁爷进药用药底簿》以及帝师翁同龢的日记，同治皇帝确实死于天花。
死于梅毒：
一些野史和后来的研究认为同治皇帝可能死于梅毒。御医李德立的后人确认李德立曾透露同治死于梅毒，而一些当时的文献也暗示了这一点。
综合病症：
还有观点认为同治皇帝可能同时患有天花和梅毒，导致病情急剧恶化并最终死亡。
心理压力：
也有说法认为同治皇帝在病重期间受到慈禧太后的刺激，加上与皇后的关系问题，导致病情加重并最终去世。
综合来看，虽然官方记载倾向于天花，但民间和后来的研究对梅毒的说法也有一定依据。由于缺乏直接证据，同治皇帝的确切死因至今仍是一个谜。