自来水厂消毒主要使用以下消毒剂：
成品二氧化氯消毒剂（如秀霸等）。
盐酸和 氯酸钠（通过发生器产生二氧化氯）。
次氯酸钠（通过次氯酸钠发生器产生）。
漂白粉，主要成分为氯。
臭氧和 紫外线消毒。
二氧化氯（ClO2）是一种黄绿色到橙黄色的气体，被国际公认为安全、无毒的绿色消毒剂，具有广谱的灭活能力，包括病毒、细菌、原生生物、藻类、真菌和各种孢子形成的菌体，并且对人体无刺激。
需要注意的是，虽然氯化法（使用氯气）消毒效果好、成本较低，但可能产生有害的有机氯化物，如三氯甲烷、二溴氯甲烷等，这些物质对人体健康有害。因此，现代自来水厂在消毒过程中会尽量采取措施降低这些有害物质的生成。