在深水养殖中，净化水草的方法主要包括以下几种：
定期清洗水草砂
清洗水草砂可以去除附着在砂石表面的残饵、粪便及其他污物，以净化水体。具体方法是轻轻刮出表层砂（2~3厘米），放于清水中反复冲洗后，再放入水族箱中。
修剪水草
定期修剪水草，去除老叶和枯枝，这有助于防止水草老化、发黄和死亡，同时也有助于保持水草的健康生长，减少藻类滋生的机会。
定期更换水
每两周执行一次水更换，将鱼缸的水更换为新水，以减少水草积累的污垢，保持水质清新。
使用吸尘器
使用吸尘器可以清除水草表面的灰尘、污垢和其他沉积物，保持水草清洁。
使用抗藻剂
抗藻剂可以有效清除水中的藻类，从而保持水草的清洁，防止藻类过度生长影响水草的生长和水体透明度。
生物和化学方法结合
使用“生物+化学”双重作用的方法，强力分解水草上吸附的有机碎屑和杂质，清洁水草表面，保持水草长势旺盛，同时不会破坏水体环境。
使用底质改良剂
定期施用复合菌种和氨基酸肥，培养良好水色，杜绝施用农家肥与化肥。若已出现虫害，可用阿维菌素类产品灭杀，并在7天后再次杀灭，杀虫后需及时解毒调水。
水质调节
应用生石灰浆、微生态制剂净化水质，使水体清爽、透明度高，保持水草较强的光合作用。同时，追肥也是必要的，以保证水草获得充足的营养。
处理老化水草
对老化水草要割头处理，然后用一变果酸和改底的稳定水质底质，补充一些小球藻种、EM和芽孢杆菌，使水草重新生根，增加水草活力，从而净化水质。
通过以上方法，可以有效净化深水养殖中的水草，保持水体清洁，促进水草健康生长，同时也有助于防止水质恶化，提高养殖成功率。