办理土鸡养殖公司的流程如下：
名称核准
到市场监督管理部门进行名称核准，取得《个体工商户名称预先核准通知书》。
申请养殖用地
向当地国土部门申请养殖用地，并办理相关的手续。养殖用地必须是农业用地，不能占用基本农田。如果需要在养殖场内建设养殖厂房，需要单独向建设管理主管部门提出申请，经过审批后可以建设厂房。
办理环境影响评价
到环保部门申请办理环境影响评价，取得环境保护部门出具的环境评估报告书。
办理动物防疫条件合格证
到当地畜牧部门申办动物防疫合格证。该证件是办理个体工商户营业执照的前置条件之一。
办理工商登记
带上个体工商户名称预先核准通知书、经营场所的房产证复印件或土地使用证复印件、一寸照片一张、经营者身份证复印件到辖区的工商部门申办个体工商户营业执照。
办理其他相关手续
根据当地农业农村主管部门的要求，办理畜禽养殖场备案登记手续，取得畜禽标识代码。
刻制公章
办理企业组织机构代码证和税务登记证，并刻制公章（包括公章、法人章、财务章）。
开设基本户
到银行开设基本户，用于公司的日常经营活动。
以上是办理土鸡养殖公司的主要流程和所需材料，建议在具体办理过程中与当地相关部门联系，以确保手续的顺利进行。