养殖合作社的申请流程通常包括以下几个步骤：
预约登记合作社名称
到所在地行政大厅工商局窗口预约登记合作社名称，需携带5个人的居民身份证原件。
办理防疫合格证
前往畜牧局窗口办理防疫合格证。
准备合作社资料
包括合作社章程、5人出资明细及签字、房屋产权证明、经营场所证明、5人身份证证明（需村委会盖章）。
土地证明
到当地土管所办理土地证明。
环境评定证明
前往环保局办理环境评定证明。
5人户籍证明
到当地派出所办理5人户籍证明。
提交申请资料
将以上资料提交至当地工商所，等待审批。
需要提交的材料通常包括：
设立登记申请书
全体设立人签名盖章的设立大会纪要
全体设立人签名盖章的章程
法定代表人、理事的任职文件和身份证明
全体出资成员签名盖章的出资清单
法定代表人签署的成员名册和成员身份证明复印件
指定代表或委托代理人的证明
合作社名称预先核准申请书
业务范围涉及前置许可的文件
费用：
办理过程中一般不收取费用。
公安局刻章费用约为400元上下。
质量技术监督局办理组织机构代码证费用约为108元/证，工本费正本10元/份，副本8元/份，技术服务费90元。
税务局申领税务登记证免收工本费。
银行开户和账号办理不收费。
注意事项：
办理养殖合作社可能涉及工商、公安、税务、质监、银行、农业等多个部门。
办理登记后，合作社取得法人资格，并可能需要到当地农业局备案，办理相关优惠政策。
办理时间约为20日，具体时间可能因地区而异。
请根据当地的具体政策和流程进行申请，因为不同地区可能有细微差别。