菌落总数是指 在一定条件下（如需氧情况、营养条件、pH、培养温度和时间等），每克（或每毫升）检样所生长出来的细菌菌落总数。根据国家标准方法规定，即在需氧情况下，37℃培养48小时，能在普通营养琼脂平板上生长的细菌菌落总数。因此，厌氧或微需氧菌、有特殊营养要求的以及非嗜中温的细菌，由于现有条件不能满足其生理需求，故难以繁殖生长。
菌落总数并不表示实际中的所有细菌总数，它不能区分其中细菌的种类，所以有时被称为杂菌数、需氧菌数等。菌落总数测定是用来判定食品被细菌污染的程度及卫生质量，反映食品在生产过程中是否符合卫生要求，以便对被检样品做出适当的卫生学评价。菌落总数的多少在一定程度上标志着食品卫生质量的优劣。