南京的著名寺庙包括：
栖霞寺：
位于江苏省南京市栖霞区栖霞山风景名胜区内，是中国四大名刹之一，江南佛教“三论宗”的发源地。栖霞寺始建于南齐永明二年（484年），距今已有1500多年的历史。
鸡鸣寺：
位于南京市玄武区鸡笼山东麓山阜上，又称古鸡鸣寺，始建于西晋永康元年（300年），是南京最古老的梵刹和皇家寺庙之一，自古有“南朝第一寺”和“南朝四百八十寺”之首的美誉。
灵谷寺：
位于南京市玄武区，是由寺庙建筑、国民革命阵亡将士公墓和灵谷公园组成的风景名胜区，是南京市著名佛教寺院之一，也是全国重点文物保护单位。灵谷寺始建于南梁天监十三年（514年），初名开善寺，明朝时朱元璋亲自赐名“灵谷禅寺”，并封其为“天下第一禅林”。
大报恩寺：
位于南京市秦淮区中华门外，是中国历史上最为悠久的佛教寺庙，其前身是东吴赤乌年间建造的建初寺及阿育王塔，是继洛阳白马寺之后中国的第二座寺庙，也是中国南方建立的第一座佛寺。
宏觉寺：
位于江苏省南京市江宁区东善桥镇祖堂山，始建于南朝梁天监二年（503年），初名“佛窟寺”，后称“弘觉寺”。清代为避乾隆皇帝弘历名讳，改称“宏觉寺”。
毗卢寺：
位于南京市，是南京的著名佛教寺庙之一。
定林寺：
位于南京市，是南京的著名佛教寺庙之一。
玄奘寺：
位于南京市，是南京的著名佛教寺庙之一。
龙泉禅寺：
位于南京市，是南京的著名佛教寺庙之一。
鹫峰寺：
位于南京市，是南京的著名佛教寺庙之一。
这些寺庙不仅历史悠久，而且建筑宏伟，文化底蕴深厚，是南京乃至全国重要的佛教文化遗址和旅游胜地。建议您根据自己的兴趣和时间安排，选择其中一两座寺庙进行参观。