养殖场用地的备案申请流程如下：
签订土地流转合同
确定养殖用地性质及其范围，与土地所有者（一般是村集体）签订土地流转合同，明确土地的使用期限、用途、租金等事项。
提出养殖项目申请
向当地政府提出养殖项目申请，当地政府工作人员对养殖用地进行实地勘察，对符合条件的，出具同意养殖项目的批复意见和适养区证明，并发函告知当地畜牧兽医局。
办理设施农用地备案
向乡镇政府的相关部门提交设施农用地备案申请，同时提供土地流转合同、养殖场的建设方案（包括平面图、布局图等）等材料。乡镇政府会对申请进行审核，审核通过后报县级国土部门备案。
办理环保手续
到当地的环保部门咨询养殖场项目的环评要求，并领取建设项目环境保护审批咨询表。按照要求填写咨询表，并准备好养殖场的建设方案、地理位置图、周边环境情况等相关材料，一并提交给环保部门。
办理动物防疫条件合格证
向环保和检疫部门申请办理环保手续和动物防疫条件合格证，环保证明和动物防疫条件合格证很重要，无证建设存在很大的风险。
办理工商登记
取得种畜禽生产经营许可证，持种畜禽生产经营许可证依法办理工商登记，依法办理养殖项目个人申请，经村镇同意后，到畜牧部门办理养殖备案手续。
办理国土资源部门备案
携带个人申请、村镇证明、养殖备案手续到当地国土所申请办理养殖用地备案手续，国土所进行现场测量，出具地类、规划等证明，签订土地复耕协议书，报国土局审查备案。
办理其他相关手续
如果养殖场建设需要建设永久性建筑，如办公用房、饲料仓库等，且占用的土地属于非设施农用地范畴，那么需要办理农业用地转建设用地的审批手续，并缴纳相应的使用费和造地费。
以上流程仅供参考，具体操作可能会因地区和政策的不同而有所差异。建议咨询当地相关部门获取最新和详细的申请指南。