去除石材水纹的方法有以下几种：
物理烘烤法
利用高温高热的作用析出碱-硅胶体中的水分，使其变成固态胶体后，再采用石材养护剂进行防水处理。但这种方法只是处理了石材的表面部分，当碱-硅胶体变成固态后，又会从石材底部及四周吸收水分，重新形成水斑。
化学清洗法
使用石材水斑清除剂清洗，清除或破坏石材中形成水斑的碱或碱-硅酸凝胶体（C-S-H），使其失去吸潮能力，从而达到治理水斑的目的。
清洗烘烤综合法
先利用石材水斑清除剂清除或破坏石材中形成水斑的碱-硅酸凝胶体（C-S-H），再用烘烤法烤干石材中的水分。
增艳调色法
通过增色的方法将有水斑病变的石材中颜色较浅的部分石材颜色加深，使其达到与深色部分石材的颜色相同或接近，从而达到美观的装饰效果。
控制水源和开缝
在处理水斑之前先要控制现场的水源，避免水斑进一步扩散。然后在石材缝隙处进行开缝，开缝后用纸巾铺在水斑处，再把清洗剂均匀的喷洒在纸巾上，反应一段时间后烘干石材表面，再进行防护处理。
使用酸性清洁剂
对于由水中的矿物质残留导致的水斑，可以使用一些弱酸性的清洁剂，如柠檬汁或醋水，轻轻擦拭石材表面，去除水斑。但需要注意，浓度过高的酸性物质可能会腐蚀大理石表面，因此在使用之前需要做一些测试。
机械磨砂
对于较为严重的水斑问题，可能需要使用专业的石材修复设备进行处理。机械磨砂可以去除表面的一层石材，以消除水斑，并重新恢复石材的光泽。这个方法需要由专业人士来操作，以确保处理效果和石材的安全。
预防措施
石材完工后，应及时使用石材防护剂进行防护处理，有效避免水斑的形成，同时可达到良好的防污效果。
建议根据水斑的严重程度和石材的具体情况选择合适的方法进行处理。对于较为严重的水斑，可能需要综合使用多种方法才能达到理想效果。在使用任何处理方法之前，建议先在小范围内进行测试，以避免对整体装饰效果造成不可逆的损坏。