周琦代表辽宁参加全运会的原因主要有以下几点：
辽宁青训体系成长：
周琦在很小的时候就展现出了篮球天赋，他的父亲将他送到辽宁的体校进行系统的训练和比赛。周琦在辽宁青训体系中成长，因此按照全运会体系，他属于辽宁体育局的成员。
注册单位决定参赛资格：
在全运会篮球比赛中，球员的参赛资格并不直接与CBA球队关联，而是由球员的全运会注册单位决定。周琦是由辽宁体育局下属的阜新篮球学校培养，并在那里注册参赛资格，因此他代表辽宁队出战全运会。
个人意愿与球队环境：
周琦个人也表达了希望加入辽宁队的愿望，他看重辽宁队提供的优厚薪酬待遇、轻松愉快的打球环境，以及球队对功勋球员的关怀和养老保障。
辽宁体育局所属：
尽管周琦之后加盟了新疆男篮，但篮协默认他是辽宁青训球员，并且周琦已经入籍辽宁，这也使得他愿意代表辽宁队出战全运会。
以上几点综合说明了周琦代表辽宁参加全运会的原因