孔卡离开上海上港的原因可以归纳为以下几点：
伤病恢复问题：
孔卡表示，如果留在上港，对他的伤病恢复没有帮助。弗拉门戈是唯一接受他并允许他使用设备进行康复的俱乐部，而上港的医疗条件不佳。
不满俱乐部管理：
孔卡对上港的管理层和主帅博阿斯有不满情绪，尤其是在他受伤期间，博阿斯没有给他机会，反而让他感到被边缘化。
合同问题：
上港在转会窗关闭后才与孔卡解约，阻止他加盟其他中国俱乐部，这让他感到不满。
个人职业规划：
孔卡在职业生涯后期希望回到巴西联赛效力，他对在中国的生活状况感到不满，并表达了想要在明年返回巴西联赛的愿望。
俱乐部经济压力：
弗鲁米嫩塞因主赞助商终止合约后，无力支付孔卡的高薪，这也是孔卡离队的原因之一。
中超政策变化：
中超的政策变化，如外援限制和新政，也可能是阻碍孔卡回归中国的重要因素。
以上几点是孔卡离开上港的主要原因。