申请土鸡养殖基地需要遵循以下步骤和程序：
项目规划与设计
设施农业经营者应拟定设施建设方案，内容包括项目名称、建设地点、用地面积、拟建设施类型、数量、标准和用地规模等。
与有关农村集体经济组织协商土地使用年限、土地用途、补充耕地、土地复垦、交还和违约责任等有关土地使用条件。
申请与审核
经营者需向县级以上地方人民政府兽医主管部门申请办理动物防疫条件合格证。
向当地环保局申请办理环评手续，并获得环境影响审批意见和排污许可证。
提交土地建设养殖场申请书到村委会，经省级畜牧行政主管部门审核同意后，报农业部核定，办理经营许可证。
工商与税务登记
经营者需要依法向县级以上地方人民政府农业农村主管部门提出申请，并附具相关材料，包括个人养殖申请、村镇证明、养殖备案手续等，以办理营业执照。
如果养殖用地建设了永久性建筑，则还需要办理农业用地转建设用地的审批手续，并缴纳一定的使用费和造地费。
环保与动物防疫
鸡场内需要生活区、生产区分开，并配备污水排放处理等设施。
需要有专业的兽医资格专业人士，并办理《动物防疫条件合格证》。
畜牧局备案
完成上述手续后，需要到畜牧局办理登记手续，以合法经营。
持续合规
养殖场在运营过程中需持续遵守相关法律法规和行政程序，确保合法经营和安全生产。
建议在申请过程中与当地相关部门保持密切沟通，确保所有手续和证件的办理符合法律法规要求，避免因手续不全而导致的法律风险。