办理港澳通行证签注的方法如下：
网上办理
申请人可以登录“国家移民管理局政务服务平台”进行在线申请，填写相关信息并选择受理公安机关，最后提交审核即可。
自助签注机办理
申请人可以前往就近的公安机关出入境管理窗口，在自助签注机上办理签注。
现场申请
申请人可以前往公安机关出入境管理窗口，提交填写完整的签注申请表、本人居民身份证原件及复印件、有效的港澳通行证等材料，进行现场申请。
所需材料
本人有效的居民身份证原件及复印件。
居民户口簿原件及复印件（如申请人未满16周岁，则只需提交居民户口簿）。
二寸正面免冠平面彩色近照，白色背景，着深色有领上衣，照片大小48X33mm，头部宽度21-24mm，头部长度28-33mm（必须在公安局指定的照相馆拍照，也可以在出入境拍照，记得拿照相回执）。
填写完整的《中国公民出入境证件申请表》。
港澳通行证原件及复印件。
相关申请材料，如探亲签注需提供香港居民身份证或港澳居民来往内地通行证复印件等。
办理费用
工本费100元。
签注费：1次有效20元，2次有效40元，多次有效需具体咨询当地公安机关。
拍照和快递费用大概50元左右。
办理时限
一般为15个工作日，部分情况下可以缩短至7-10个工作日。
注意事项
签注的有效期一般为1年，可以在有效期内多次使用。
申请人可以根据自己的需求选择签注类型，如个人旅游、团队旅游、探亲等。
首次办理签注需要本人亲自到当地公安分局出入境办证大厅办理，不能委托代办。
续签可以在自助机上完成，尽量确保港澳通行证半年以上有效期。
建议选择离自己最近的公安机关出入境管理窗口或在线服务平台进行办理，以便节省时间和精力。