办理生态养殖基地需要遵循以下步骤：
确定养殖场的经营范围和规模
在申请和注册前，需要确定养殖的品种、数量、规模等经营范围，以便后续进行相关的申请和办理手续。
选择合适的场址和建筑
需要选择一个合适的场址和建筑，场址应远离居民区、水源和环保区域，建筑应符合相关的卫生、防疫和安全要求。
向乡镇人民政府提出申请
建设地址应符合规划，不得位于畜禽养殖禁养区内。选址应符合《动物防疫条件审查办法》的相关规定，否则无法办理《动物防疫条件合格证》。
向县级畜牧主管部门申报备案
将养殖场、养殖小区的名称、养殖地址、畜禽品种和养殖规模，向养殖场（小区）所在地县级畜牧兽医行政主管部门备案，取得畜禽标识代码。
办理用地备案手续
到县级自然资源部门办理用地备案手续。
申报环评手续
对环境可能造成重大影响的大型畜禽养殖场（小区），应当编制环境影响报告书；其他畜禽养殖场（小区）应当填报环境影响登记表。然后到生态环境部门申报环评手续。
办理工商登记
办理工商登记，需要提供相关的证明材料，如养殖申请表、身份证明或单位证明、资金来源证明材料、养殖技术条件说明等。然后到当地工商局或乡镇工商所办理《工商营业执照》。
领取相关证件
在线预审通过后，按照预约时间去工商局递交申请材料。收到准予设立登记通知书后，去工商局领取营业执照。
办理《动物防疫条件合格证》
携带经营场地的房地产证明文件（或者土地使用权证书）的复印本、个人照片以及经营者身份证复印本至当地的工商业行政管理部门申请领取《个体工商户名称预先核准申请书》。然后向所在区域的畜牧兽医行政主管部门申请办理《动物防疫合格证》。
最终领取营业执照
成功获取《动物防疫合格证》后，携带该证书正副本以及与之相配套的经营场地房地产证明文件（或者土地使用权证书）的复印本、个人照片以及经营者身份证复印本再次前往工商业行政管理部门，申请办理个体工商户营业执照。
以上步骤仅供参考，具体流程和所需材料可能因各地要求而有所不同，建议咨询当地相关部门获取详细信息。