小动物养殖区的消毒主要包括以下几个方面：
人员消毒
工作人员进入生产区前需经过洗澡、更衣、紫外线消毒。
生产区入口应设置消毒室，工作人员在消毒室内完成上述步骤。
工作人员在接触畜群、饲料、种蛋等之前必须洗手，并用1:1000的新洁尔灭溶液浸泡消毒3~5分钟。
环境消毒
畜禽舍周围环境每2~3周用2%火碱消毒或撒生石灰一次。
场周围及场内污水池、排粪坑、下水道出口，每月用漂白粉消毒一次。
大门口畜禽舍入口设消毒池，使用2%火碱或5%来苏儿溶液，注意定期更换消毒液。
每隔1~2周，用2%~3%火碱溶液喷洒消毒道路；用2%~3%火碱，或3%~5%的甲醛或0.5%的过氧乙酸喷洒消毒场地。
被病畜禽的排泄物和分泌物污染的地面土壤，可用5%~10%漂白粉溶液、百毒杀或10%氢氧化钠溶液消毒。
停放过芽孢所致传染病病畜禽尸体的场所，或者是此种病畜禽倒毙的地方，应严格加以消毒，首先用10%~20%漂白粉乳剂或5%~10%优氯净喷洒地面，然后将表层土壤掘起30厘米左右，撒上干漂白粉并与土混合，将此表土运出掩埋。在运输时应用不漏土的车以免沿途漏撒，如无条件将表土运出，则应加大漂白粉的用量（1平方米面积加漂白粉5千克），将漂白粉与土混合，加水湿润后原地压平。
消毒频率
确定消毒的频率，避免病菌滋生。例如，可以每周或每月进行定期消毒，具体频率根据养殖场的实际情况和兽医的建议进行调整。
消毒方法
物理消毒法：包括洗刷、清扫、紫外线消毒、阳光暴晒、熏蒸消毒、蒸汽消毒、焚烧污物等。
化学消毒法：使用化学药物的溶液对养殖场地面、墙壁、笼箱或排泄物进行消毒，常见的有氢氧化钠、漂白粉、生石灰、高锰酸钾、新洁尔灭、季铵盐类消毒液、醛类消毒剂（如甲醛）、酚类消毒剂等。
消毒步骤
清：清理病原生存所依附的物质，如粪便等有机物。
冲：用清水冲洗圈舍，消除尘土等微小颗粒上附着的病原菌。
喷：用化学消毒药品进行喷雾或喷洒消毒。
熏：使用甲醛和高锰酸钾混合后释放出甲醛气体或加热醋酸等方式进行熏蒸消毒。
空：圈舍消毒后空置一段时间，使病原菌处于干燥等不利生活环境中。
日常消毒
各责任区饲养员在每个工作日须用配制好的消毒液，随时擦拭每层笼架。
饲养员结束每一饲养单元的饲养工作后，清洁地面，然后用另一种消毒液擦拭地面。
每周用消毒液擦拭一次饲养室、走道、缓冲间、更衣室、风淋室四壁、顶部。
每月更换出风口滤材，并用消毒液清洁擦拭进出风口。
通过以上步骤和方法，可以有效杀灭小动物养殖区的病原微生物，减少疫情的发生，保障动物的健康和养殖环境的卫生。