办理农村养殖房的房产证需要遵循以下流程：
提出申请
业主需要先向村委会领取并填写房屋建设申请表，提交相关申请信息。
村委会对申请信息进行确认并签字盖章。
乡建办审批
业主将填写完整的申请表提交给乡建办，乡建办工作人员核实情况并签字。
乡主管领导对申请表进行签字盖章。
县规划建设局审批
乡建办将申请表提交给县规划建设局进行最终审批。
县规划建设局通过后，会发出公告和审批通知，业主可以开始办理房产证。
缴纳费用
业主需要按照相关规定缴纳办证所需费用，包括登记费等。
领取房产证
业主完成所有手续后，房管局会发放房产证到业主手中。
建议在办理过程中，所有文件和信息都要确保真实有效，以便顺利通过审批流程。如果有任何疑问或需要进一步帮助，可以咨询当地房管局或相关部门。