在畜牧养殖盖棚不违法的情况下，需要遵循以下步骤和注意事项：
选址
不能占用基本农田，应选择未利用地或村里没用的偏僻地方。
不能距离村庄太近，离村庄500米内不允许建设。
办理手续
到畜牧部门申请办理备案。
到自然资源部门申请办理设施农用地备案。
需要选址意见书和规模计划书。
必须进行环境影响评估（环评），且环评各项指标需严格达标。
合法用地
养殖棚舍的用地必须具有合法的土地使用权。
农村有合法承包权的土地包括畜禽饲养用地，农民从事家禽、家畜养殖可以搭建大棚等设施。
遵守法规
不得在基本农田上建设养殖场。
养殖场用地属于农业用地，必须符合《畜牧法》规定的条件。
养殖场必须达到环保卫生设计要求，并取得《动物防疫条件合格证》。
其他要求
必须备案土地使用范围，严禁对外转包、转租、买卖。
必须设置标识牌，说明土地性质、用途、举报电话。
场内道路宽度不能超过6米。
不能建不可透视的围墙，不能妨碍日常的监督检查。
一个大棚只能建一个耳房，必须单层，不能超过15平米。
审批流程
如果确需占用耕地，需要向有关部门申请，经乡镇人民政府同意后向县级有关部门及相关部门批准。
总结来说，要在畜牧养殖盖棚不违法，必须确保选址合理、手续齐全、用地合法，并严格遵守相关法规和环境评估要求。建议在建棚前咨询当地相关部门，确保所有手续和审批都完成后进行建设。