检查化妆品的部门主要是 药品监督管理部门。国家药品监督管理局负责全国化妆品检查管理工作，而县级以上药品监督管理部门则负责本行政区域的化妆品检查管理工作。此外，地市级以上卫生防疫部门负责对辖区内的化妆品生产实行卫生监督，县以上卫生防疫部门负责对辖区的化妆品销售实行卫生监督。国家化妆品质量监督检验中心也承担化妆品的检查工作，包括产品监督检验、质量安全风险监控、生产许可证领证检验等。
综上所述，检查化妆品的部门可以是药品监督管理部门、卫生防疫部门或国家化妆品质量监督检验中心，具体职责和权限在不同层级和机构间有所分工。