现在农村养殖户办理手续的流程如下：
了解政策与规划
向当地的国土部门、农业部门或乡镇政府了解所在区域的养殖规划、禁养区、限养区等相关信息，确保所选地址符合规定。
初步选址
根据了解到的信息，选择合适的土地作为养殖场的建设地点。尽量选择地势较高、排水良好、通风透气、远离居民区且交通相对便利的地方，同时要考虑水、电等基础设施的接入条件。
办理土地手续
如果是流转土地，需要与土地所有者（一般是村集体）签订土地流转合同，明确土地的使用期限、用途、租金等事项。
申请设施农用地备案，向乡镇政府的相关部门提交设施农用地备案申请，并提供土地流转合同、养殖场的建设方案（包括平面图、布局图等）等材料。乡镇政府会对申请进行审核，审核通过后报县级国土部门备案。
如果养殖场建设需要建设永久性建筑，如办公用房、饲料仓库等，且占用的土地属于非设施农用地范畴，那么需要办理农业用地转建设用地的审批手续，并缴纳相应的使用费和造地费。
办理环境影响评价（环评手续）
前往环保局办理环评手续，环评手续是后期申请工商、税务、动检等证件审批时必须的材料。
办理动物防疫条件合格证
向当地畜牧兽医部门申请，以证明养殖场具备防疫条件，能够保障动物健康。
办理其他相关手续
到当地县级人民政府畜牧部门备案，需要提交养殖场设计平面图，审批标准为厂房内有隔离饲养生产区，3000米内没有屠宰场、动物隔离区、农贸市场等，养殖场1公里范围内没有居民区、饮用水源、学校、医院、公路铁路等。
到县国土局办理厂址修建审批手续。
到畜牧局办理《动物防疫条件合格证》证明。
到工商局办理工商营业执照。
办理排污许可证
根据实际情况办理排污许可证。
办理野生动物驯养繁殖许可证（如需要）：
取得生产经营许可证后，到畜牧局办理检疫证，然后到林业局办理。
建议：
在办理过程中，建议与当地相关部门保持密切沟通，确保所有手续和材料符合当地政策和法规要求。
提前准备好所有必要的申请材料，并按照流程逐步办理，以确保养殖场的合法建设和运营。