办理畜牧养殖合作社的流程如下：
预约登记合作社名称
到所在地行政大厅工商局窗口，携带5个人的居民身份证原件进行预约登记。
办理防疫合格证
前往所在行政大厅畜牧局窗口，办理防疫合格证。
准备合作社资料
合作社章程，包含5人出资明细及5人亲自签字；
房屋产权证明、经营场所证明；
5人身份证证明，必须有本村村委会盖章；
土地证明，去当地土管所办理；
环境评定证明，去环保局办理；
5人户籍证明，去当地派出所。
提交申请资料
前往当地工商所，呈递以上所有资料，等待审批。审批过程可能需要65天，全部费用大约几百元。
领取营业执照及相关证件
审批通过后，领取农民专业合作社法人营业执照；
办理合作社公章；
前往质量技术监督局办理组织机构代码证；
前往国家、地方税务局申领税务登记证；
办理银行开户和账号。
备案
最后，需要到当地农经主管部门备案。
以上步骤和所需材料可能会因地区和具体情况有所不同，建议在办理过程中与当地相关部门联系以获取最新和详细的指导。