小瓜虫病的治疗有多种方法，以下是一些常见的治疗手段：
生姜+干辣椒熬水 ：生姜和干辣椒各300克，熬成水后，每米水深使用一亩，连泼三次，间隔五天再泼三次。提高温度+食盐：
白天可以适当降低水位，提高温度，撒盐50-60斤/亩。
药物浸泡
5%盐水浸泡数天。
百万分之二（2ppm）的甲基蓝溶液，每天浸泡6小时。
百万分之零点零五（0.05ppm）的孔雀石绿和百万分之二十五（25ppm）的甲醛溶液混合处理，疗效较好。
28~30℃的百万分之二（2ppm）的盐酸奎宁药液浸泡3~5天。
百万分之二（2ppm）的硝酸亚汞药液浸泡30分钟。
百万分之五十至七十（50~70ppm）浓度的红汞溶液浸泡5~15分钟，每天2次。
拌料预防：
青蒿末+乐畅桉树精油，从水花、夏花（上粉料投饲）开始就可以拌喂，对于小瓜虫、孢子虫预防效果很不错。
治疗杀虫：
盐酸氯苯胍+青蒿末+乐畅桉树精油，青蒿末先用酒精泡一下，并且注意，盐酸氯苯胍一定要拌喂均匀。
外泼硫酸铜+硫酸亚铁：
硫酸铜和硫酸亚铁按照5:2的比例使用，先泼硫酸亚铁，再泼硫酸铜，选择在晚上保证溶氧充足，再进行泼洒。
亚甲基蓝泼洒：
每立方米水体可用2~4克亚甲基蓝化水后全池泼洒，每隔3~4天泼洒一次，连续3~4次。
生石灰或漂白粉消毒：
清除池底过多淤泥，水泥池壁要进行洗刷，并用生石灰或漂白粉进行消毒。
勤改底，加强拌料内服防虫：
入冬后坚持保肝护胆，提高鱼体体质，勤改底，加强拌料内服防虫。
综合治疗方法：
例如，外用虫虫草、纤灭、原虫膏等药物，内服与外用结合，具体配比和使用方法按照产品说明进行。
建议
预防为主：保持水质清洁，定期消毒，合理投喂，增强鱼体抵抗力。
选择药物：根据具体情况选择合适的药物，避免使用剧毒药物如孔雀石绿和硝酸亚汞。
注意浓度和时间：严格按照药物使用说明进行操作，确保药物浓度和时间足够。
观察效果：治疗过程中要密切观察鱼群反应和治疗效果，及时调整治疗方案。
这些方法可以单独使用，也可以结合使用，以达到最佳的治疗效果。