针对封控区的养殖业处理，可以采取以下措施：
立即停止违法行为
养殖业主在接到县级或县级以上环保主管部门的强制性指令后，应立即停止在封控区的养殖活动。
准备拆迁补偿
养殖业主需要对养殖的禽兽进行迁移，并准备好拆迁补偿的相关事宜。建议咨询专业律师，以确保自身权益得到妥善处理。
了解补偿政策
相关部门会根据实际情况制定补偿标准和补偿政策，养殖业主应参照这些政策，与相关部门协商达成可行的拆迁赔偿协议。
申请行政复议或行政诉讼
如果对拆迁补偿有异议，养殖业主可以申请行政复议或提起行政诉讼，维护自身合法权益。
配合政府后续服务
关闭搬迁后，相关部门会提供后续跟踪服务，帮助养殖场户落实养殖用地、办理环境影响评价和动物防疫条件等相关手续，并提供必要的技术服务。
转型升级
养殖场应积极配合政府引导，进行畜牧业转型升级，形成绿色发展机制，以适应新的环保要求。
通过以上措施，养殖业主可以在遵守法律法规的同时，尽量减少因封控区政策带来的经济损失，并为未来的发展做好准备。