迈克尔·乔丹没有在芝加哥公牛队退役的原因是多方面的，主要包括以下几点：
球队重建与管理层决策
1997-1998赛季，芝加哥公牛队经历了一系列的重建，包括教练菲尔·杰克逊的离开和关键球员斯科蒂·皮蓬的交易。
乔丹曾希望公牛队给予他球队股份，但遭到拒绝，导致他与球队管理层的关系破裂。
个人健康与职业生涯
乔丹在1998年总决赛期间手指受伤，这影响了他的表现，并可能促使他考虑退役。
乔丹当时表示“99.9%确定不会再打球”，虽然留有0.1%的可能性，但他并没有改变退役的决定。
劳资协议与NBA停摆
1998年，由于劳资协议问题，NBA经历了停摆，这可能影响了乔丹是否继续打球的决策。
对球队未来的担忧
乔丹担心在没有他的情况下，公牛队无法保持在巅峰水平，因此他可能认为退役是保护球队未来的最佳选择。
个人情感与归属感
乔丹对公牛队和芝加哥有着深厚的情感，退役后他再也没有去过公牛的主场看比赛，表明他对球队的变化感到非常不满。
复出性质
乔丹在2001年复出时，与华盛顿奇才队签下了一份为期两年的合同，这次复出更多是利用自己的影响力为球队吸金，并非重返职业球员生涯。
总结来说，乔丹没有在公牛队退役是由于球队管理层的决策、个人健康问题、劳资协议影响、对球队未来的担忧以及个人情感与归属感等多方面因素的综合结果。