菌丝球（Mycelium）是指 真菌的营养生长部分，由许多分枝的菌丝组成。它相对于真菌的生殖生长部分，如子实体。菌丝体可以存在于土壤或许多其他基质中，并在一定条件下形成微生物聚集体，具有代谢能力强、吸附污染物量大、生物活性高、沉降速度快和易于固液分离等特点。
在液体培养基中，通过通气搅拌或振荡培养，真菌往往会产生菌丝球。菌丝球的形成可以使发酵液黏度下降，从而在有限的空间内获得更多的菌体。然而，菌丝球的形成也可能影响物料的传递，通常球中央的细胞在生长和产物形成方面不如球表面的细胞。
近年来，菌丝球已成为生物工程和环境保护等领域的研究热点，并在水污染控制、工业发酵生产以及经济微藻回收等方面展现出应用潜力。