从东京到奈良的交通方式主要有以下几种：
新干线+近铁线
新干线：从东京乘坐东海道新干线或山阳新干线到京都站，车程约为1小时15分钟至1小时30分钟。
近铁线：从京都站乘坐近铁线到奈良站，车程约为45分钟。
总时长：约2小时15分钟。
普通列车
近铁线：从东京乘坐近铁线直达奈良站，车程约为2小时15分钟至2小时30分钟。
驾车
高速公路：从东京到奈良的距离约为315公里，驾车大约需要2-3小时，具体取决于路况和是否堵车。
建议
最快方案：推荐乘坐新干线+近铁线，总时长约为2小时15分钟，这是最快捷且舒适的方式。
经济选择：如果预算有限，可以选择乘坐普通列车，虽然时间稍长，但费用较低。
自驾：适合喜欢自驾游的游客，但需注意交通状况和路况。
根据以上信息，从东京到奈良的最佳交通方式是乘坐新干线+近铁线，总时长约为2小时15分钟。