从新疆到南京的飞行时间主要取决于航班的具体安排、中转站以及是否直飞。以下是一些具体信息：
直飞航班
如果乘坐的是直飞航班，飞行时间大约为5小时到5小时30分钟。
中转航班
如果需要中转，总的飞行时间会相对较长。例如，从喀什飞往南京的航班通常需要中转，中转时间加上飞行时间大约在6小时到8小时之间。
中转时间可能会因为中转机场和航班安排的不同而有所变化，有时中转时间可能超过2小时。
经停情况
航班在经停西安时，飞行时间可能会延长到5小时35分钟。
航班在经停其他城市如郑州时，总飞行时间可能会达到5个半小时。
建议
提前规划：建议提前规划行程，选择合适的航班，以确保顺利到达目的地。
关注航班信息：在预订机票时，务必关注航班的具体起飞时间、中转站以及航班时长，以便合理安排行程。
综上所述，从新疆到南京的飞行时间大约在5小时到8小时之间，具体时长取决于航班安排和中转情况。