在养殖基地养殖犬只的处罚措施主要依据不同地区的法律法规，以下是主要的处罚标准：
重点管理区内经营性和饲养烈性犬的处罚
经营性养殖和销售：由城市管理行政执法部门没收犬只，没收违法所得，并处一万元以上二万元以下罚款。
饲养烈性犬：由城市管理行政执法部门责令限期改正；逾期不改正的，没收犬只，并处五千元以上一万元以下罚款。
重点管理区内无证养犬的处罚
无证养犬：由城市管理行政执法部门责令限期改正；逾期不改正的，没收犬只，并处二千元以上五千元以下罚款。
限养区内无准养证擅自养犬的处罚
无准养证养犬：由公安机关没收犬只，并处一千元以上二千元以下的罚款。
物业管理区域内饲养烈性犬和大型犬的处罚
饲养烈性犬和大型犬：由公安机关或者具有城市管理行政执法权的部门没收犬只，并处五千元以上一万元以下罚款。
未按规定接种狂犬病疫苗的处罚
未接种狂犬病疫苗：由城市管理行政执法部门责令限期改正；逾期不改正的，没收犬只，并处二千元以上五千元以下罚款。
其他相关违法行为的处罚
冒用、涂改、伪造和买卖相关证明：由城市管理行政执法部门收缴，有违法所得的，没收违法所得，并处五百元以上一千元以下罚款。
逾期未办理养犬登记证变更或注销手续：由城市管理行政执法部门责令限期改正；逾期不改正的，处以二百元罚款。
携带犬只进入本市无合法有效动物检疫和免疫证明：由城市管理行政执法部门责令限期改正；逾期不改正的，没收犬只，并处二千元以上五千元以下罚款。
建议养殖基地严格遵守当地的养犬法规，以免受到不必要的处罚。