南京被称为石头城的原因主要有以下几点：
越王勾践筑城：
公元前472年，越王勾践在灭吴后，于南京中华门的长干里一带定名“越城”，并在南京清凉山（又叫石头山）筑城，称为“金陵邑”，因此得名石头城。
孙权筑城：
孙权在石头山修建了石头城，用其作为保护东吴京师建业的资本，并准备了军事石材，石材基地多建造了烽火台，在军事上用来立即发出报警信号。
地理位置重要：
石头城位于长江之滨，其地理位置使其成为重要的军事要塞。清凉山的天然峭壁成为城基，环山筑造，具有“七里一百步”的周长，相当于现在的六里左右。
历史遗迹：
石头城是六朝古都南京的一处六朝时期的著名遗迹，遗址位于现清凉山一带。南京的别称“石头城”就来自于此。
综上所述，南京被称为石头城的原因主要与其历史筑城、地理位置及其作为军事要塞的重要性有关。