阿尼在《进击的巨人》中流泪的原因是多方面的，主要包括以下几点：
任务失败：
阿尼的任务是抓住艾伦并带回马莱国，但最终任务失败，她无法完成使命。
无法回家：
阿尼渴望回到马莱国见自己的父亲，但任务失败意味着她无法实现这个愿望。
情感矛盾：
阿尼内心善良，与作为马莱战士必须执行的任务之间存在巨大矛盾，这让她感到痛苦。
身份暴露：
阿尼的身份被揭露，她可能是女巨人，这使得她回家的机会更加渺茫。
自责和失败感：
在战斗中，阿尼因善良而放过了爱尔敏，最终被其揭穿身份，这让她感到自责和失败。
心理压力：
阿尼在墙内调查期间承受了巨大的心理压力，她知道自己接近极限，渴望回到故乡。
感情纠葛：
阿尼对艾伦有复杂的感情，虽然她佩服艾伦明知不可而为之的勇气，但同时也可能对他有感情。
这些情感和心理压力交织在一起，最终导致阿尼流泪。