石材深层清洗的方法如下：
使用石材专用深层清洁剂
对于顽固污渍，如油渍、咖啡渍等，可使用中性石材清洁剂或专用的石材去污剂。使用时，先在不起眼的地方做小范围测试，确认不会造成石材变色或损伤后，再全面应用。清洁后，务必用清水彻底冲洗干净，并用干布擦干。
自动洗地机清洗
自动洗地机结合水、石材皂液或稀释石材清洗剂进行整体深度清洗。其优点是在清洗的同时，将水泥浆及时抽走。操作简单，效率高。但需注意机械和水本身要清洁，所用的石材皂液、石材清洗剂的质量要好，以确保清洗效果。
晶面机+抽机清洗
采用晶面机与大功率抽机相结合，配合石材皂液或稀释石材清洗剂的清洗方法，将石材表面清洗均匀、细致为一个整体。然后用大功率抽机将残留的水渍及时抽取干净。这种方法适用于需要恢复光泽的石材。
化学清洗法
石材深层清洗至少应包括以下三个步骤：
清洗剂经过渗透过程进入石材的微孔隙；
清洗剂在石材微孔隙中与污垢分子发生物理的或化学的作用；
通过吸出或稀释等步骤清除清洗作用后的残留物。
物理清洗法
除了化学清洗法，还可以尝试一些更安全的物理清洗方法，例如采用蒸汽流、粒子流、电化学、超声波或激光等清洗方法。
清洗前的准备工作
在清洗处理前应维护好不准备清洗的部分；
在清洗处理完毕后应清除残留的化学品；
对于石质文物的清洗应请有关专家论证。
清洗后的处理
清洗后，必须用清水彻底冲洗干净，并用干布擦干，避免水分残留，确保石材表面干净、无污染，并且石材的线条和颜色呈现清晰明亮的效果。
建议根据石材的具体情况和污渍程度选择合适的清洗方法，并进行小范围测试，以确保清洗效果和安全。