包涵体蛋白（Inclusion Body, IB）是指在宿主细胞中，尤其是大肠杆菌中，由于外源基因的高效表达而形成的高密度、不溶性的蛋白质聚集体。这些聚集体在显微镜下观察时表现为高折射区，与胞质中的其他成分有明显的区别。包涵体蛋白通常不具有生物活性，因为它们没有正确折叠成具有生物学功能的三维结构。它们通常含有50%以上的重组蛋白，其余部分包括核糖体元件、RNA聚合酶、外膜蛋白、质粒DNA以及脂体、脂多糖等。
包涵体形成的原因主要是因为在蛋白表达过程中缺乏某些蛋白质折叠的辅助因子或环境不适，无法形成正确的次级键等原因。新生成的多肽浓度较高，无充足的时间进行折叠，从而形成非结晶、无定形的蛋白质的聚集体。包涵体内的蛋白是非折叠状态的聚集体，不具有生物学活性。
为了从包涵体中提取有活性的蛋白质，通常需要将包涵体溶解在变性剂中，然后通过加入还原剂还原蛋白质中的半胱氨酸，使二硫键断裂，得到单体肽链再复性重新折叠。