水库养殖小球藻的方法如下：
培养基配置
可以使用SE培养基、Pr培养基和BG-11培养基，也可以自行配制培养基。配制培养基时，需要保证氮、磷等营养物质的浓度适宜，并且pH值控制在6.5~7.5之间。
藻种选择
选择高浓缩的液体小球藻藻种，在显微镜下观测以确保其成活率。
接种与扩培
将培养基兑水搅拌至完全溶解，然后将藻种放置室内常温1-2小时恢复温度。接着将复合小球藻藻种倒入培养基中搅拌均匀，扩培5-7天后即可使用。
培养条件
水温：保持在20~30℃之间。
光照：自然光或人工光源，12小时光照、12小时不光照，最适宜光照为5000~10000Lux。
通气：搅拌通气增加水体流动性。
水质：使用曝气处理后的自来水，避免使用含漂白粉的池塘水。
施肥与补菌
在晴天上午引入水色较好的水体，每三天左右施用一次肥，如氨基酸肥水膏、酵素肥、多肽硅藻肥等，同时五六天施用一次菌种，如芽孢、酵素、乳杆菌等。施肥时要少量多次，保持水体中营养成分的全面性与持续性。
水质管理
定期监测水体的藻类数量、营养盐含量等指标，及时调整管理措施。保持水质清洁，防止轮虫和其他生物污染。
使用与收获
扩培后的藻种可使用于50-100亩的水库，具体用量根据水库情况而定。小球藻的生长周期较短，一般在12天左右，因此需要定期收获。
通过以上步骤，可以在水库中成功养殖小球藻，并为水库生态系统提供有益的营养和氧气。