针对养殖场超量养殖的问题，可以采取以下措施进行处理：
行政处罚
超出备案数量的部分将被要求关闭或停止经营，并处以相应的罚款。
责任人可能会接受行政处罚甚至刑事追究。
土地管理
对于非法占地的养殖场，土地管理机关有权责令其终止违法行为，拆除非法占用土地上的新建设施，并恢复土地原貌，同时处以罚款。
法律追究
未经批准或采取欺骗手段获得批准建设养殖场的，将面临退还非法占用土地、拆除违法建筑、恢复土地原状等处罚，并可能面临行政处罚和刑事责任。
环保措施
养殖场应采取措施减少养殖污染，如合理控制饲料投喂量、加强水体循环与交换、定期清理池塘底部淤泥等。
区域限制
在禁止养殖区域内建设养殖场的，由环境保护主管部门责令停止违法行为，拒不停止的，处3万元以上10万元以下的罚款，并报请县级以上人民政府责令拆除或关闭。
建议养殖场严格遵守相关法律法规，合理控制养殖数量，避免违法违规行为带来的不良后果。