凝胶色谱的原理主要基于分子筛效应。待分离组分在进入凝胶色谱柱后，会根据其分子量的不同，选择性地进入或保留在固定相凝胶的孔隙中。具体来说：
分子筛效应 ：大分子物质由于直径较大，不易进入凝胶颗粒的微孔，而只能分布在颗粒之间，因此在洗脱时向下移动的速度较快。小分子物质除了在凝胶颗粒间隙中扩散外，还可以进入凝胶颗粒的微孔中，在向下移动的过程中，从一个凝胶内扩散到颗粒间隙后再进入另一凝胶颗粒，如此不断重复，导致小分子物质的下移速度落后于大分子物质。这样，样品中分子较大的先流出色谱柱，中等分子的后流出，分子最小的最后流出。凝胶的孔隙大小：
调整固定相使用的凝胶的交联度可以调整凝胶孔隙的大小。改变流动相的溶剂组成也会影响固定相凝胶的溶涨状态，进而改变孔隙的大小，从而获得不同的分离效果。
凝胶色谱的类型
凝胶过滤色谱（GFC）：
使用水溶剂作为流动相。
凝胶渗透色谱（GPC）：使用有机溶剂如四氢呋喃作为流动相。
应用：
凝胶色谱适用于不稳定的分子，具有分离条件温和、样品回收率高、重复性好、操作时间短等优点。它广泛应用于聚合物、蛋白质、多糖、药物等大分子的分离和纯化。
综上所述，凝胶色谱通过利用凝胶的分子筛效应，根据分子量的不同，使各组分在色谱柱中产生不同的流速，从而实现分离。通过调整凝胶的孔隙大小和流动相的组成，可以优化分离效果，适用于各种大分子的分离和分析。