养殖基地的赔偿应当包括以下几个方面：
土地补偿费
如果养殖场使用的土地是农民自家的承包经营地，补偿费应归土地承包者所有。
如果土地是租用的，则补偿费归原土地承包者所有。
地上附着物补偿费
包括养殖设施设备如厂房、水井、风机、温度湿度控制器等，补偿标准参考建筑成本和使用年限等因素，具体金额双方可以协商确定。
房屋及附属物补偿
包括禽畜圈舍、饲养人员宿舍、办公用房等建筑物，以及化粪池、遮凉棚、水井等附属设施，补偿标准根据评估机构的评估报告确定，考虑建造成本、使用年限、成新率等因素。
停产停业损失补偿
因征收拆迁导致养殖场无法正常经营，政府应对停产停业造成的损失进行补偿。补偿标准通常按照养殖场在被拆迁或关停前三年的年均收入衡量，具体参考各地方相关规定文件。
搬迁补偿费用
包括搬迁过程中的设备搬运、禽畜运输等费用，例如需要专门车辆运输禽畜到新场所的费用。
养殖动物回收补偿
根据存栏禽畜的种类、数量、市场价格等因素进行补偿，不同生长阶段的禽畜补偿标准不同。
设施折旧及搬迁补偿
养殖场内的设施设备评估后折旧的补偿，以及剩余物料搬迁时产生的费用。
其他补偿
根据当地政策和具体情况，可能还包括一些额外的补偿项目，如临时安置补助、奖励办法等。
需要注意的是，合法合规建设的养殖场在拆迁时可以获得全部补偿，而违规违法建设的养殖场则可能无法获得补偿，甚至需要承担相应责任。
建议养殖场在面临拆迁时，及时咨询专业律师，了解具体补偿政策和程序，以便维护自己的合法权益。