Cy3（Cyanine 3）是一种 发橘黄色荧光的花青素荧光染料。它可以根据化学结构分为普通Cy3和磺化Cy3。普通Cy3常简称Cy3，而磺化Cy3则是在Cy3的结构基础上磺化的产物，带有2个或3个磺酸根离子。Cy3在水中的溶解度较低，因此在进行水相标记反应时，通常需要使用有机共溶剂，如DMF、DMSO和乙腈等。
Cy3因其较高的亮度、稳定性和光学性能，在生物医学研究领域得到了广泛应用，如显微镜成像、流式细胞仪分析和DNA测序等。此外，Cy3还可以与其他化学基团结合，形成不同的衍生物，以适应不同的科研和生物医学应用需求。例如，Cy3可以与生物素-PEG衍生物结合，形成荧光生物素-PEG衍生物，用于荧光检测和成像。
总的来说，Cy3是一种在科研和生物医学领域广泛应用的荧光染料，具有优异的光学性能和化学稳定性。