在细菌学研究中，常用的显微镜包括光学显微镜和电子显微镜，具体使用哪种显微镜取决于观察的目的和需求：
光学显微镜
亮场显微镜：这是最基本的光学显微镜类型，适用于普通细菌观察。样品置于明亮的背景下，通过物镜放大并通过目镜观察。这种方法对于染色过的细菌，如革兰氏染色法染色的细菌，效果较好。
相差显微镜：通过调整光路使得光程差产生明暗差异，适用于观察未染色的透明样本，如活细菌。相差显微镜可以提高对样品细节的对比度，使细菌在背景中更为清晰可见。
荧光显微镜：通过使用荧光染料标记样品中的生物分子，可以使细菌在特定波长的激发光下发射荧光。这种方法对于观察特定结构或活性的细菌非常有用，如蛋白质、核酸等。
电子显微镜
透射电子显微镜 （TEM）：通过透射样品的电子束来获取高分辨率图像，适用于观察细菌的内部结构，可以揭示细胞膜、质体、核区等超微结构的细节。
扫描电子显微镜 （SEM）：通过扫描样品表面的电子束来获得三维表面形貌图像，适用于观察细菌的表面形态和结构。
建议
普通光学显微镜：适用于初步观察和常规细菌形态学检查，如革兰氏染色后的细菌观察。
相差显微镜：适用于未染色样本的观察，特别是活细菌的形态和运动观察。
荧光显微镜：适用于需要高分辨率观察特定生物分子（如蛋白质、核酸）的细菌研究。
透射电子显微镜 （TEM）：适用于需要高分辨率观察细菌内部结构的科学研究。
扫描电子显微镜 （SEM）：适用于需要观察细菌表面形态和结构的场合。
根据具体的研究需求和实验条件，可以选择合适的显微镜类型以获得最佳的观察效果。