养殖赤潮的防护措施主要包括以下几种方法：
物理隔离
将养殖生物与赤潮水体隔离，减少进水量和投饵量，并采取增氧措施。
对于网箱或筏式养殖，应及时将养殖网箱或养殖筏迁往未受赤潮影响的区域，或将其沉到较深水层，以避开赤潮生物密集的表层水体。
化学方法
撒布黏土或喷洒硫酸铜溶液，回收或外排赤潮生物。
使用无机化学药品（如次氯酸钠、过氧化氢）和凝聚剂（如天然黏土）灭杀赤潮生物。
生物方法
利用微生物治藻，如利用氨氧化菌和硝化菌降低水中氨氮和亚硝酸盐的浓度。
利用高等水生植物拮抗作用抑藻，如养殖海带、裙带菜等。
利用浮游动物和海洋滤食性贝类除藻。
改善水质
减少农业和工业排放的农药、化肥和废水等污染物，减少水体中的营养物质含量，从而抑制赤潮的发生。
加强水体监测和管理，定期检测水质，及时发现问题并采取相应措施。
控制养殖密度和养殖方式
合理选择养殖品种，减少底栖生物死亡的有机废物和氮磷等养分的排放，以减少水体富营养化的程度。
进行多品种混养、轮养、立体养殖，建立生态养殖系统。
应急措施
如果养殖的鱼、虾、贝类已达一定规格，可提前捕捞、收获，尽可能减少损失。
在赤潮发生时，及时将养殖网箱或养殖筏迁移至安全水域，或将其沉到较深水层。
其他方法
使用拖曳法将养殖网箱从赤潮水体转移至安全水域。
研制改性黏土等更高效的赤潮治理材料。
通过综合运用上述措施，可以有效预防和减轻赤潮对养殖业的影响，保护海洋生态环境。